En 1811, las improvisadas tropas de Morelos marcharon hacia Acapulco, reclutando a muchas personas a su camino. Con aproximadamente 2000 hombres, Morelos tomó una pequeña población en el Estado de Guerrero, de donde hicieron huir al ejército realista y se unieron los hermanos Hermenegildo y Pablo Galeana. Juntos tomaron San Jerónimo, Coyuca dde Benítez y el Cerro del Valadero. Morelos estableció el campamento de su ejército cerca del Fuerte de San Diego, edificio construido para defender a Acapulco de los ataques piratas.A su paso por el sur del país, fue incorporando a su improvisado ejército hombres de todas las rancherías, llegando a formar un ejército de casi 30 mil hombres regularmente armados, más los soldados desertores del ejército realista. Así, Morelos protagonizó la mejor etapa del movimiento insurgente.
Morelos dictó varios decretos a fin de organizar un gobierno, entre las medidas dictadas, destacan cuidar los bienes de la Iglesia Católica, evitar el ataque con fuerzas inferiores al enemigo, castigar cualquier intento de guerra de castas y los pecados públicos, observar el escalafón militar por méritos, obrar en armonía, suprimir el tributo, la esclavitud, las cajas de comunidad, las deudas a peninsulares y el monopolio de la pólvora.El 13 de julio de 1811, en el pueblo de Tixtla, Morelos decretó: “A partir de hoy se entregarán las tierras a los pueblos para su cultivo, sin que puedan arrendarse, pues su goce ha de ser de los naturales en sus respectivos pueblos. Asimismo, faltándonos la moneda corriente de plata y oro para el socorro de las tropas, he resuelto se selle moneda de cobre para el uso del comercio. Las habrá de a peso, tostón, real y medio real, y podrán cambiarse por sus equivalentes de curso legal en cuanto termine la guerra.”
Morelos dictó leyes en cada provincia que iba conquistando, una de ellas fue la reducción del impuesto al comercio y estableció talleres en los que se forjaban armas, se fabricaba pólvora, y se fundía plomo y cobre.
Morelos marchó hacia Oaxaca en noviembre de 1812, tras tres horas de combate, Morelos logró tomar la ciudad y escribió: “La ciudad de Oaxaca, que acabamos de tomar, además de ser sede obispal y de intendencia, está llena de hombres útiles, minas, puestos y granas, que convertiremos en fusiles.” En Oaxaca estableció un tribunal de protección y confianza pública, dedicado a investigar faltas de la causa insurgente y proclamó: “El designio de la Insurgencia es defender la libertad que nos concedió el autor de la naturaleza. Instauremos la libertad y suprimamos las castas, pues sólo la virtud ha de distinguir al hombre, así como la condenación del vicio y de la ociosidad.”
El 5 de noviembre de 1815 fue capturado en Tezmalaca, Puebla, por las tropas españolas, junto con 200 insurgentes más. En seguida, 150 de los prisioneros fueron ejecutados en presencia de Morelos y los 50 restantes fueron enviados como esclavos a Manila. Morelos fue conducido a la Ciudad de México para su juicio. El primer juicio en contra de Morelos fue el Proceso de las Jurisdicciones Unidas, presidido por el auditor de guerra y el representante del arzobispado. La principal acusación en su contra fue el haber incurrido en los delitos de alta traición al rey, a la patria y a Dios, sabotaje del virreinato y provocar muertes y destrozos. Morelos respondió diciendo: “En España ya no había rey, se fue a su casa de Francia pero regresó al trono como un déspota contaminado de irreligiosidad”. Su siguiente juicio fue eclesiástico, acusado de violar el celibato y tener 3 hijos ilegítimos. Por decreto del Tribunal de la Inquisición, Morelos fue condenado a la degradación religiosa que se llevó a cabo el 27 de noviembre de 1815 en audiencia pública.
El viernes 22 de diciembre de 1815, Morelos fue encadenado de manos y pies y llevado en una carroza, custodiada por 50 soldados, hacia Ecatepec. Antes de pasar al paredón, Morelos rezó el salmo 51, se confesó y se hincó de espaldas al paredón. Sus restos descansan en la Columna de la Independencia, en la Ciudad de México.
