Tomada Valladolid, Hidalgo y su ejército se dirigieron a la Ciudad de México. En este camino, en el Monte de las Cruces, sostuvo un enfrentamiento con las tropas que le eran fieles al virrey, llamadas realistas. Hidalgo salio triunfador en esa batalla y entro a la cuidad solo, y fue recibido como libertador. Hidalgo temía ser derrotado por las tropas del virrey y por esto no tomo la ciudad y dejo que todo su ejército lo esperara fuera de esta.
Las debilidades del ejército de Hidalgo, como la escasez de alimentos y armas, fueron aprovechadas por sus enemigos.
En San Jerónimo de Aculco, Hidalgo pierde la mitad de sus tropas a manos de Félix de Calleja.
Mientras Hidalgo se dirigía a Valladolid, Allende se va a Guanajuato donde las tropas realistas lo detienen y es obligado a salir rumbo a Guadalajara.
En Guadalajara, Hidalgo organizo los primeros gobiernos insurgentes a cargo de dos ministros Ignacio López Rayón y José María Chico encargados de los asuntos del estado y justicia. Hidalgo fue nombrado Magistrado Supremo de la Nación, así se llevo a cabo la primera reforma agraria y suprimió los tributos y ratifico la libertad de los esclavos.
En enero de 1811 en Guadalajara, Hidalgo se enfrento al ejército de Calleja en el Puente de Calderón. Esta vez Calleja derroto a los insurgentes e impidió la toma de la ciudad, ante todo esto Hidalgo parte y se encamina junto con sus tropas a Zacatecas. El Cura debe continuar su camino hacia el norte y renuncia a su cargo de Primer magistrado y el puesto es ocupado por Allende.
El ejercito de Ignacio López Rayón, alcanzo a Hidalgo en el norte y juntos trataron de arribar a los Estados Unidos en busca de armas y combatientes pero no lo lograron ya que fueron traicionados, derrotado y aprehendidos en Las Norias de Acatita de Bajan. Los soldados insurgentes fueron castigados y enviados a Durango.
Los jefes militares: Hidalgo, Allende, Aldama y Abasolo, fueron enviados a Chihuahua donde un tribunal los condeno a muerte.
